Ganimedes fue secuestrado por Zeus en el monte Ida, en Frigia (que actualmente corresponde a Turquía), lugar de más de una leyenda sobre la historia mítica de Troya. Ganimedes pasaba allí el tiempo de exilio al que muchos héroes se sometían en su juventud, cuidando un rebaño de ovejas o, alternativamente, la parte rústica o ctónica de su educación, junto con sus amigos y tutores. Zeus lo vio, se enamoró de él casi instantáneamente, y enviando un águila o transformándose él mismo en una lo llevó al monte Olimpo.
Ganimedes era de origen troyano y no griego, lo que le identifica como parte del nivel más antiguo de la mitología egea prehelénica. Platón opinaba en su Timeo que el mito de Ganimedes había sido inventado por los cretenses —la Creta minoica era un centro de poder de la cultura prehelénica— para justificar sus inclinaciones homosexuales, que más tarde fueron importadas por Grecia, en lo que coinciden los autores griegos. Homero no se preocupa por el aspecto erótico del rapto de Ganimedes, pero es ciertamente en un contexto erótico en el que la diosa se refiere a la rubia belleza del troyano en el Himno homérico a Afrodita, mencionando el amor de Zeus por el muchacho como parte de su atracción por el troyano Anquises.
En el Olimpo, Zeus hizo a Ganimedes su amante y copero, suplantando a Hebe. Todos los dioses se llenaron de gozo al ver la belleza del joven, salvo Hera, la esposa de Zeus, que lo trató con desprecio. Su odio por el muchacho fue usado por los mitógrafos para justificar su rencor por los troyanos (junto al hecho de no habérsele concedido el premio de belleza en el juicio de Paris y a la infidelidad de Zeus con la pléyade Electra, de cuya unión nació Dárdano, ascendiente de los reyes troyanos).
En la poesía, Ganimedes era un símbolo del joven idealmente bello y también del amor homosexual, a veces en contraste con Helena de Troya en el papel de símbolo del amor hacia las mujeres.
En Roma el objeto pasivo de deseo homosexual de un hombre era un catamitus. La palabra es una corrupción del griego ganymedes, pero no tiene connotaciones mitológicas en latín. Cuando Ovidio esboza el mito brevemente (Las metamorfosis x.152-161), Ganimedes conserva su familiar nombre griego.
